оПЕДЛЕРМЮЪ ЙНЛХЯЯХЪ ОН ЙБЮМРНБНИ УХЛХХ пурс ХЛ. д.х.лЕМДЕКЕЕБЮ 1999Ц.

лЕРНДХВЕЯЙХЕ СЙЮГЮМХЪ

Й БШОНКМЕМХЧ ГЮДЮМХЪ ЯЕЛХМЮПЮ ╧9 ОН ЙСПЯС "ЙБЮМРНБЮЪ УХЛХЪ"

жЕКЭ ПЮАНРШ: ОНКСВЕМХЕ ОПЮЙРХВЕЯЙХУ МЮБШЙНБ ОН ОНХЯЙС ЙБЮМРНБН-УХЛХВЕЯЙНИ ХМТНПЛЮЖХХ Б ЯЕРХ Internet.

бмхлюмхе! я ЯННРБЕРЯРБХХ Я ДНЦНБНПНЛ ЛЕФДС лЕМДЕКЕЕБЯЙХЛ СМХБЕПЯХРЕРНЛ Х оПНБЮИДЕПНЛ (НПЦЮМХГЮЖХЕИ, ОПЕДНЯРЮБКЪЧЫЕИ ДНЯРСО Б Internet) ОПХ ПЮАНРЕ Б ЯЕРХ бШ ДНКФМШ ЯНАКЧДЮРЭ НОПЕДЕКЕММШЕ ОПЮБХКЮ.

рНКЭЙН Б ЯКСВЮЕ ЯНЦКЮЯХЪ Я МХЛХ бЮЛ ОПЕДНЯРЮБХРЯЪ БНГЛНФМНЯРЭ ПЮАНРШ Б ЯЕРХ. хУ МЮПСЬЕМХЕ БНГКЮЦЮЕР МЮ бЮЯ КХВМСЧ НРБЕРЯРБЕММНЯРЭ ГЮ ОНЯКЕДЯРБХЪ.

оЕПЕД МЮВЮКНЛ ГЮМЪРХИ ОПЕОНДЮБЮРЕКЭ ГМЮЙНЛХР бЮЯ Я ЩРХЛХ ОПЮБХКЮЛХ.

дКЪ ПЕЬЕМХЪ ОПЮЙРХВЕЯЙХУ ГЮДЮВ ХМФЕМЕП-РЕУМНКНЦ ДНКФЕМ СЛЕРЭ ОНКЭГНБЮРЭЯЪ ЯКЕДСЧЫХЛХ ЙКЮЯЯХВЕЯЙХЛХ ХЯРНВМХЙЮЛХ ХМТНПЛЮЖХХ:

• РЕУМНКНЦХВЕЯЙХЕ ПЕЦКЮЛЕМРШ Х РЕУМХВЕЯЙЮЪ ДНЙСЛЕМРЮЖХЪ ЯНОПНБНФДЕМХЪ РЕУМНКНЦХВЕЯЙХУ ОПНЖЕЯЯНБ;
• ЛНМНЦПЮТХХ Х РЕЛЮРХВЕЯЙХЕ ЯАНПМХЙХ;
• ОЕПХНДХВЕЯЙХЕ ХГДЮМХЪ;
• ЯОПЮБНВМЮЪ КХРЕПЮРСПЮ.

б МЮЯРНЪЫЕЕ БПЕЛЪ ЩРХУ МЮБШЙНБ МЕДНЯРЮРНВМН ДКЪ НОЕПЮРХБМНЦН ПЕЬЕМХЪ АНКЭЬХМЯРБЮ ГЮДЮВ. мЕЙНРНПШЕ ОЕПХНДХВЕЯЙХЕ ХГДЮМХЪ БШУНДЪР ЙЮЙ Б БХДЕ ОНКХЦПЮТХВЕЯЙНИ ОПНДСЙЖХХ, РЮЙ Х Б "ЩКЕЙРПНММНЛ" БХДЕ. хМТНПЛЮЖХЪ ПЮЯОПНЯРПЮМЪЕРЯЪ МЮ ДХЯЙЕРЮУ, CD ROM Х ХМШУ МНЯХРЕКЪУ. аКХФЮИЬХЕ ОКЮМШ ХГДЮРЕКЕИ МЮСВМШУ ФСПМЮКНБ ОПЕДСЯЛЮРПХБЮЧР ЯНЙПЮЫЕМХЕ БШОСЯЙЮ АСЛЮФМШУ ЙНОХИ, Ю ПЪД БМНБЭ ЯНГДЮБЮЕЛШЕ МЮСВМШЕ ФСПМЮКНБ ЯСЫЕЯРБСЕР РНКЭЙН Б БХДЕ ЙНЛОЭЧРЕПМШУ ТЮИКНБ. тЮИКШ ЛНЦСР ПЮЯОПНЯРПЮМЪРЭЯЪ ЙЮЙ МЮ МНЯХРЕКЪУ, РЮЙ Х Я ХЯОНКЭГНБЮМХЕЛ ЙНЛОЭЧРЕПМШУ РЕКЕЙНЛЛСМХЙЮЖХНММШУ РЕУМНКНЦХИ, Я РНЛ ВХЯКЕ ЯЕРЕБШУ. мЮХАНКЭЬЕЕ ПЮЯОПНЯРПЮМЕМХЕ ОНКСВХКЮ ЦКНАЮКЭМЮЪ ЛЕФДСМЮПНДМЮЪ ЯЕРЭ Internet.

оПЕФДЕ ВЕЛ ЯХМРЕГХПНБЮРЭ МНБНЕ ХКХ СФЕ ХГБЕЯРМНЕ БЕЫЕЯРБН, МН ДПСЦХЛ ОСРЕЛ, ОПНБНДЪР КХРЕПЮРСПМШИ ОНХЯЙ. яНБПЕЛЕММШЕ ЙНЛОЭЧРЕПМШЕ АЮГШ ДЮММШУ ЯНДЕПФЮР ХМТНПЛЮЖХЧ НАН БЯЕУ НРЙПШРШУ Б МЮЯРНЪЫЕЕ БПЕЛЪ БЕЫЕЯРБЮУ. оПНБЕДЕМХЕ ЙНЛОЭЧРЕПМШУ ПЮЯВЕРНБ ЛЕРНДЮЛХ ЙБЮМРНБНИ УХЛХХ ОНГБНКЪЕР НЖЕМХРЭ РЕПЛНДХМЮЛХВЕЯЙСЧ СЯРНИВХБНЯРЭ ЯНЕДХМЕМХЪ Х НЯСЫЕЯРБХЛНЯРЭ ОПНЖЕЯЯЮ ЯХМРЕГЮ, ОПЕДЯЙЮГЮРЭ ЯБНИЯРБЮ ЕЫЕ МЕ ОНКСВЕММНЦН ЯНЕДХМЕМХЪ, БШАПЮРЭ НДХМ ХГ БНГЛНФМШУ ОСРЕИ НЯСЫЕЯРБКЕМХЪ ОПНЖЕЯЯЮ.

дКЪ ЩРНЦН ЛНЦСР ОНРПЕАНБЮРЭЯЪ МЕЙНРНПШЕ

РЕПЛНДХМЮЛХВЕЯЙХЕ Х ЯРПСЙРСПМШЕ УЮПЮЙРЕПХЯРХЙХ БЕЫЕЯРБ:

• ЛНКЕЙСКЪПМШИ БЕЯ;
• ДКХМШ ЯБЪГЕИ Х БЮКЕМРМШЕ СЦКШ (ЦЕНЛЕРПХВЕЯЙНЕ ЯРПНЕМХЕ);
• РЕЛОЕПЮРСПШ ТЮГНБШУ ОЕПЕУНДНБ (ХГЛЕМЕМХЪ ЙПХЯРЮККХВЕЯЙНИ ЯРПСЙРСПШ, ОКЮБКЕМХЪ, ЙХОЕМХЪ, ЯСАКХЛЮЖХХ, РНВЙХ йЧПХ Х ДП.);
• РЕОКНРЮ НАПЮГНБЮМХЪ;
• ЩМРПНОХЪ;
• РЕЛОЕПЮРСПМШЕ ЙНЩТТХЖХЕМРШ РЕОКНОПНБНДМНЯРХ;
• ЩМЕПЦХХ ДХЯЯНЖХЮЖХХ;

ЯОЕЙРПЮКЭМШЕ ЯБНИЯРБЮ:

• ОНРЕМЖХЮКШ ХНМХГЮЖХХ;
• ЯПНДЯРБН Й ЩКЕЙРПНМС;
• ВЮЯРНРШ Х ХМРЕМЯХБМНЯРХ ЙНКЕАЮМХИ;
• ЛНЛЕМРШ ХМЕПЖХХ;
• ЙНЩТТХЖХЕМРШ ЩЙЯРХМЙЖХХ;
• УХЛХВЕЯЙХЕ ЯДБХЦХ Х ДП.

хГ ЯЕРХ Internet ЛНЦСР АШРЭ ОНКСВЕМШ РЮЙФЕ ОПНЦПЮЛЛШ ЙБЮМРНБН-УХЛХВЕЯЙХУ ПЮЯВЕРНБ, МЮАНПШ АЮГХЯМШУ ТСМЙЖХИ ЩКЕЛЕМРНБ, ЯБНИЯРБЮ БЕЫЕЯРБ, ПЮЯЯВХРЮММШЕ ЛЕРНДЮЛХ ЙБЮМРНБНИ УХЛХХ.

б лЕМДЕКЕЕБЯЙНЛ СМХБЕПЯХРЕРЕ ВХРЮЧРЯЪ ЙСПЯШ ОН ПЮАНРЕ Б ЯЕРХ Internet МЮ АЮГЕ ХМТНПЛЮЖХНММНЦН ЖЕМРПЮ. оНЩРНЛС ЛШ МЕ ЯРЮБХЛ ГЮДЮВС НУБЮРХРЭ БЯЕ БНГЛНФМШЕ ЮЯОЕЙРШ ХЯОНКЭГНБЮМХЪ УХЛХЙЮЛХ ПЕЯСПЯНБ ЩРНИ ЯЕРХ. рЮЙФЕ МЕР БНГЛНФМНЯРХ ПЮЯЯЛНРПЕРЭ Б ДЕРЮКЪУ ЛЮРЕЛЮРХВЕЯЙХИ ЮООЮПЮР ЛЕРНДНБ Х ОПХБКЕВЭ ЯРСДЕМРНБ Й ПЮГПЮАНРЙЕ РЕНПЕРХВЕЯЙХУ НЯМНБ ЙБЮМРНБНИ УХЛХХ. лШ НЦПЮМХВХЛ ЯЕАЪ ОНХЯЙНЛ ЙБЮМРНБН-УХЛХВЕЯЙНИ ХМТНПЛЮЖХХ.

гЮДЮМХЕ 1

• мЮИРХ ЯЯШКЙХ МЮ тНМД НАЛЕМЮ ЙБЮМРНБН-УХЛХВЕЯЙХЛХ ОПНЦПЮЛЛЮЛХ.
• оНКСВХРЭ Х ЯНУПЮМХРЭ ЙЮРЮКНЦ тНМДЮ.
• мЮИРХ Б ЙЮРЮКНЦЕ НОХЯЮМХЕ ОПНЦПЮЛЛ МЕЩЛОХПХВЕЯЙХУ ЙБЮМРНБН-УХЛХВЕЯЙХУ ПЮЯВЕРНБ.
• яПЮБМХРЭ ОПНЦПЮЛЛШ:
• ОН ОКЮРТНПЛЕ, МЮ ЙНРНПСЧ НМХ ПЮЯЯВХРЮМШ;
• ОН ЯОНЯНАС СВЕРЮ ЩМЕПЦХХ ЙНППЕКЪЖХХ;
• ОН ХЯОНКЭГНБЮМХЧ АЮГХЯМШУ ТСМЙЖХИ;
• ОН ЦХАЙНЯРХ ЮКЦНПХРЛНБ НОРХЛХГЮЖХХ ЩМЕПЦХХ;
• ОН МЮКХВХЧ БЯОНЛНЦЮРЕКЭМШУ БХГСЮКХГЮЖХНММШУ, ПЕДЮЙЖХНММШУ Х ХМРЕПОПЕРЮЖХНММШУ ОПНЦПЮЛЛ;
• ОН ЯЙНПНЯРХ БШОНКМЕМХЪ ПЮЯВЕРНБ;
• ОН БНГЛНФМНЯРЪЛ ОЮПЮККЕКЭМШУ БШВХЯКЕМХИ;
• ОН ХЯОНКЭГСЕЛШЛ ТНПЛЮРЮЛ БУНДМШУ, БШУНДМШУ Х ОПНЛЕФСРНВМШУ ПЕГСКЭРЮРНБ.

нАПЮРХРЕ БМХЛЮМХЕ МЮ ХМТНПЛЮЖХЧ НА ЮБРНПЮУ ОПНЦПЮЛЛШ, СЯКНБХЪУ ЕЕ ПЮЯОПНЯРПЮМЕМХЪ, БЕПЯХХ, ХГЛЕМЕМХЪУ ОНЯКЕДМЕИ БЕПЯХХ, URL ПЮГПЮАНРВХЙНБ.

оПЕДКЮЦЮЕРЯЪ ЯКЕДСЧЫХИ ЯОХЯНЙ ОПНЦПЮЛЛ:

гЮДЮМХЕ 2

б ОЕПБНИ КЮАНПЮРНПМНИ ПЮАНРЕ бШ ОНКЭГНБЮКХЯЭ ОПНЦПЮЛЛНИ МЕЩЛОХПХВЕЯЙХУ Х ОНКСЩЛОХПХВЕЯЙХУ ЙБЮМРНБН-УХЛХВЕЯЙХУ ПЮЯВЕРНБ GAMESS. оНКСВЕММШЕ бЮЛХ ПЕГСКЭРЮРШ, ЯНУПЮМЕММШЕ Б LOG ТЮИКЮУ, ЛНЦСР АШРЭ КЕЦЙН НАПЮАНРЮМШ ЯОЕЖХЮКХГХПНБЮММШЛХ БХГСЮКХГЮЖХНММШЛХ Х ХМРЕПОПЕРЮЖХНММШЛХ ОПНЦПЮЛЛЮЛХ.

бЮЛ ОПЕДКЮЦЮЕРЯЪ:

• МЮИРХ Х ОНКСВХРЭ ВЕПЕГ ЯЕРЭ ОПНЦПЮЛЛШ НАПЮАНРЙХ ПЕГСКЭРЮРНБ ПЮЯВЕРНБ;
• Я ХУ ОНЛНЫЭЧ БХГСЮКХГХПНБЮРЭ ПЮЯЯВХРЮММШЕ Б бЮЬЕИ ПЮАНРЕ ЛНКЕЙСКШ Х НОПЕДЕКХРЭ ХУ ЦЕНЛЕРПХВЕЯЙХЕ ОЮПЮЛЕРПШ (Vega);
• МЮСВХРЭЯЪ НОПЕДЕКЪРЭ ГЮПЪДШ МЮ ЮРНЛЮУ, ЩМЕПЦХХ НПАХРЮКЕИ ХГ LOG ТЮИКЮ МЕ Я ОНЛНЫЭЧ РЕЙЯРНБНЦН ПЕДЮЙРНПЮ, Ю Я ОНЛНЫЭЧ ЯОЕЖХЮКЭМНИ ОПНЦПЮЛЛШ (Vega);
• ОНЯРПНХРЭ ЩМЕПЦЕРХВЕЯЙСЧ ДХЮЦПЮЛЛС(Vega);
• ОПНБЕЯРХ ЮМЮКХГ БШОНКМЕМХЪ ОПНЖЕЯЯЮ ЛХМХЛХГЮЖХХ ЩМЕПЦХХ Б УНДЕ ПЮЯВЕРНБ ОН ОПНЦПЮЛЛЕ GAMESS, ДХМЮЛХЙХ ЦПЮДХЕМРЮ (Gm).

гЮДЮМХЕ 3

бН БРНПНИ КЮАНПЮРНПМНИ ПЮАНРЕ бШ ОНКЭГНБЮКХЯЭ ОПНЦПЮЛЛНИ ОНКСЩЛОХПХВЕЯЙХУ ЙБЮМРНБН-УХЛХВЕЯЙХУ ПЮЯВЕРНБ. еЯКХ ЩРН АШКХ ОПНЦПЮЛЛШ MOPAC ХКХ юMPAC, ОНКСВЕММШЕ бЮЛХ ПЕГСКЭРЮРШ ЛНЦСР АШРЭ КЕЦЙН НАПЮАНРЮМШ ЯОЕЖХЮКХГХПНБЮММШЛХ БХГСЮКХГЮЖХНММШЛХ Х ХМРЕПОПЕРЮЖХНММШЛХ ОПНЦПЮЛЛЮЛХ. еЯКХ АШКХ ХЯОНКЭГНБЮМШ ДПСЦХЕ ОПНЦПЮЛЛШ, БНЯОНКЭГСИРЕЯЭ РЕЯРНБШЛХ ОПХЛЕПЮЛХ, БУНДЪЫХЛХ Б ОЮЙЕР ОПНЦПЮЛЛ.

• бЮЛ ОПЕДКЮЦЮЕРЯЪ МЮИРХ Х ОНКСВХРЭ ВЕПЕГ ЯЕРЭ ОПНЦПЮЛЛШ НАПЮАНРЙХ ПЕГСКЭРЮРНБ ПЮЯВЕРНБ.
• я ХУ ОНЛНЫЭЧ БХГСЮКХГХПНБЮРЭ ПЮЯЯВХРЮММШЕ Б бЮЬЕИ ПЮАНРЕ ЛНКЕЙСКШ Х НОПЕДЕКХРЭ ХУ ЦЕНЛЕРПХВЕЯЙХЕ ОЮПЮЛЕРПШ (Glu ,Mv).
• мЮСВХРЭЯЪ НОПЕДЕКЪРЭ ГЮПЪДШ МЮ ЮРНЛЮУ, ЩМЕПЦХХ НПАХРЮКЕИ ХГ LOG ТЮИКЮ МЕ Я ОНЛНЫЭЧ РЕЙЯРНБНЦН ПЕДЮЙРНПЮ, Ю Я ОНЛНЫЭЧ ЯОЕЖХЮКЭМНИ ОПНЦПЮЛЛШ (Glu, Mv).
• оНЯРПНХРЭ ЩМЕПЦЕРХВЕЯЙСЧ ДХЮЦПЮЛЛС(Glu, Mv).
• гЮДЮМХЕ 4

дКЪ ЙБЮМРНБН-УХЛХВЕЯЙХУ ПЮЯВЕРНБ ОКЕМНЙ, ОНКХЛЕПНБ Х ЙПХЯРЮККНБ ПЮГПЮАНРЮМЮ ОПНЦПЮЛЛЮ CRYSTAL. аЮГХЯМШЕ ТСМЙЖХХ, ХЯОНКЭГСЕЛШЕ Б ОПНЦПЮЛЛЕ ОНЯРНЪММН ДНОНКМЪЧРЯЪ, Р.Н. ОНГБНКЪЪ ПЮЯЯВХРШБЮРЭ ЯБНИЯРБЮ АНКЕЕ ЬХПНЙНЦН ЯОЕЙРПЮ ЯНЕДХМЕМХИ.

• мЕНАУНДХЛН МЮИРХ ЯЮИР ПЮГПЮАНРВХЙНБ ОПНЦПЮЛЛШ;
• ОНКСВХРЭ Х ЯНУПЮМХРЭ ХМЯРПСЙЖХЧ ОН ПЮАНРЕ Я ОПНЦПЮЛЛНИ;
• ОНКСВХРЭ Х ЯНУПЮМХРЭ РЕЯРНБШЕ ОПХЛЕПШ;
• ОНКСВХРЭ Х ЯНУПЮМХРЭ ЯОХЯНЙ ЩКЕЛЕМРНБ, ДКЪ ЙНРНПШУ ХЛЕЧРЯЪ АЮГХЯМШЕ ТСМЙЖХХ. нОХЯЮМХЕ БШОНКМЕМН Б БХДЕ РЮАКХЖШ лЕМДЕКЕЕБЮ Б HTML ТНПЛЮРЕ. дКЪ РЕУ ЩКЕЛЕМРНБ, ЙНРНПШЕ ЯНОПНБНФДЮЧРЯЪ АЮГХЯМШЛХ МЮАНПЮЛХ, Б РЮАКХЖЕ ЕЯРЭ ЦХОЕПЯЯШКЙХ;
• ОНКСВХРЭ Х ЯНУПЮМХРЭ АЮГХЯМШЕ ТСМЙЖХХ, ДНАЮБКЕММШЕ Б РЕВЕМХЕ 1999Ц;
• ЯНУПЮМХРЭ Х ОПНЮМЮКХГХПНБЮРЭ ЯОХЯНЙ КХРЕПЮРСПШ Я НОХЯЮМХЕЛ ПЕГСКЭРЮРНБ ПЮЯВЕРНБ Х БШБНДЮЛХ.

гЮДЮМХЕ 5

б ОЕПБНИ КЮАНПЮРНПМНИ ПЮАНРЕ бШ ЯНЯРЮБКЪКХ ХЯУНДМШИ ТЮИК ДКЪ ПЮЯВЕРНБ ОН ОПНЦПЮЛЛЕ GAMESS. хЯУНДМЮЪ ЦЕНЛЕРПХЪ ЛНКЕЙСКШ ГЮДЮБЮКЮЯЭ Б БХДЕ Z-ЛЮРПХЖШ. нРЯСРЯРБХЕ НОХЯЮМХЪ ДКХМ ЯБЪГЕИ Х СЦКНБ Б ЪБМНЛ БХДЕ ДЕКЮЕР МЕБНГЛНФМШЛ ОПНЯЛНРП ОНКСВХБЬЕИЯЪ ЯРПСЙРСПШ ЛНКЕЙСКШ.

йЮФДЮЪ ЙБЮМРНБН-УХЛХВЕЯЙЮЪ ОПНЦПЮЛЛЮ ХЛЕЕР ЯБНИ ЯНАЯРБЕММШИ ТНПЛЮР БУНДМНЦН (Х БШУНДМНЦН) ТЮИКЮ. щРН ДЕКЮЕР ОПЮЙРХВЕЯЙХ МЕДНЯРСОМШЛ ХЯОНКЭГНБЮМХЕ ЙБЮМРНБНИ УХЛХХ УХЛХЙЮЛХ, МЕ ГМЮЙНЛШЛХ Я НЯМНБЮЛХ ОПНЦПЮЛЛХПНБЮМХЪ.

кЧАЮЪ ОПНЦПЮЛЛЮ РПЕАСЕР ГЮДЮМХЪ ЦЕНЛЕРПХХ ЛНКЕЙСКШ. мЮХАНКЕЕ ХГБЕЯРМШЛХ ЪБКЪЧРЯЪ ТНПЛЮРШ Z-ЛЮРПХЖШ ОПНЦПЮЛЛШ MOPAC (НРКХВЮЕРЯЪ НР ТНПЛЮРЮ ОПНЦПЮЛЛШ GAMESS!!!) Х ГЮДЮМХЕ ЙННПДХМЮР ЪДЕП Б ДЕЙЮПРНБНЛ ОПЪЛНСЦНКЭМНЛ ОПНЯРПЮМЯРБЕ. юБРНПШ ОПНЦПЮЛЛШ BABEL БШОНКМХКХ МЕОНЯХКЭМСЧ ГЮДЮВС, МЮОХЯЮБ ОПНЦПЮЛЛС, ОПЕНАПЮГСЧЫСЧ ТЮИКШ ХГ НДМНЦН ТНПЛЮРЮ Б ДПСЦНИ (БУНДМШЕ Х БШУНДМШЕ ТЮИКШ НЙНКН 60 ОПНЦПЮЛЛ!!!).

мЕНАУНДХЛН:

• МЮИРХ ЯЮИР ПЮГПЮАНРВХЙНБ ОПНЦПЮЛЛШ;
• ОНКСВХРЭ Х ЯНУПЮМХРЭ ОПНЦПЮЛЛС Х НОХЯЮМХЕ МЮ МЕЕ;
• ХГ LOG ТЮИКЮ, ОНКСВЕММНЦН Б ОЕПБНИ ПЮАНРЕ, ХГБКЕВЭ Я ОНЛНЫЭЧ ОПНЦПЮЛЛШ BABEL ЙНМЕВМСЧ ЦЕНЛЕРПХЧ ЛНКЕЙСКШ;
• БХГСЮКХГХПНБЮРЭ ЛНКЕЙСКС Я ОНЛНЫЭЧ ОПНЦПЮЛЛШ RASMOL;
• ЯНУПЮМХРЭ МЮХАНКЕЕ СДЮВМШИ ОН бЮЬЕЛС ЛМЕМХЧ ПЮЙСПЯ ЛНКЕЙСКШ Х БЮПХЮМР ПЕМДЕПХМЦЮ Б BMP ХКХ JPG ТНПЛЮРЕ (ХЛЪ ТЮИКЮ - МЮГБЮМХЕ ЛНКЕЙСКШ).

гЮДЮМХЕ 6

й МЮХАНКЕЕ ЯЕПЭЕГМШЛ ОПЕХЛСЫЕЯРБЮЛ ПЮАНРШ Б ЯЕРХ ЪБКЪЕРЯЪ БНГЛНФМНЯРЭ БШОНКМЕМХЪ ПЮЯВЕРНБ МЮ СДЮКЕММНЛ ЙНЛОЭЧРЕПЕ. бЯЕ ЯНБПЕЛЕММШЕ МЮСВМШЕ, ХЯЯКЕДНБЮРЕКЭЯЙХЕ Х СВЕАМШЕ ЖЕМРПШ, СМХБЕПЯХРЕРШ, ЦДЕ ЯРЮКЙХБЮЧРЯЪ Я ОПЕОНДЮБЮМХЕЛ Х ОПЮЙРХВЕЯЙХЛ ХЯОНКЭГНБЮМХЕЛ ЙБЮМРНБН-УХЛХВЕЯЙХУ ПЮЯВЕРНБ Б ЯБНЕЛ ЙНЛОЭЧРЕПМНЛ ОЮПЙЕ ХЛЕЧР ЯСОЕПЙНЛОЭЧРЕПШ - ПЮАНВХЕ ЯРЮМЖХХ, ЙЮЙ ОПЮБХКН, RISC - ЮПУХРЕЙРСПШ. оЕПЯНМЮКЭМШЕ ФЕ ЙНЛОЭЧРЕПШ ХЯОНКЭГСЧРЯЪ КХЬЭ ДКЪ НАЕЯОЕВЕМХЪ РЕПЛХМЮКЭМНЦН ДНЯРСОЮ Й МХЛ. мЮ ОЕПЯНМЮКЙЮУ ЯНЯРЮБКЪЧРЯЪ ГЮДЮМХЪ - БУНДМШЕ Х НРКЮДНВМШЕ ТЮИКШ. рЮЙХЛ НАПЮГНЛ НАЕЯОЕВХБЮЕРЯЪ ПЮЖХНМЮКЭМНЕ ХЯОНКЭГНБЮМХЕ БШВХЯКХРЕКЭМШУ ПЕЯСПЯНБ. вРН ЙЮЯЮЕРЯЪ МЕЩЛОХПХВЕЯЙХУ ПЮЯВЕРНБ, РН ХУ БШОНКМЕМХЕ МЮ ОЕПЯНМЮКЙЮУ ОЪРЭ КЕР МЮГЮД ДЮФЕ ДКЪ ОПНЯРШУ ЛНКЕЙСК АШКН ОН БПЕЛЕМХ ЯВЕРЮ МЕПЕЮКЭМШЛ.

дКЪ ОПХЛЕПЮ Б ОПХКНФЕМХХ ОПХБЕДЕМЮ ЯРПЮМХВЙЮ, Я ЙНРНПНИ ЛНФМН МЮ СДЮКЕММНЛ ЙНЛОЭЧРЕПЕ ОНЯВХРЮРЭ ЛНКЕЙСКС БНДШ.

мЮИРХ:

• ЯЮИРШ ЯСОЕПЙНЛОЭЧРЕПМШУ ЖЕМРПНБ, БШОНКМЪЧЫХУ ОПНЕЙРШ ОН ЙБЮМРНБНИ УХЛХХ;
• ЖЕМРП, НАЕЯОЕВХБЮЧЫХИ РЕЯРНБШИ ХКХ ДЕЛНМЯРПЮЖХНММШИ БУНД ДКЪ БШОНКМЕМХЪ МЕЩЛОХПХВЕЯЙХУ ПЮЯВЕРНБ.
• оНКСВХРЭ ХМТНПЛЮЖХЧ Н БШВХЯКХРЕКЭМШУ ПЕЯСПЯЮУ БШАПЮММНЦН ЖЕМРПЮ.
• бШОНКМХРЭ ПЮЯВЕР Х ЯНУПЮМХРЭ ХМТНПЛЮЖХЧ.
• нЖЕМХРЭ ОПНХГБНДХРЕКЭМНЯРЭ БШВХЯКЕМХИ ОН ОПХБЕДЕММШЛ ЖЕМРПНЛ ДЮММШЛ (Benchmark).
• нЖЕМХРЭ БПЕЛЪ ЯВЕРЮ ДКЪ ЛНКЕЙСКШ ЯН 100, 200, 500 АЮГХЯМШЛХ ТСМЙЖХЪЛХ.
• нЖЕМХРЭ ВХЯКН ЮРНЛНБ Б ЛНКЕЙСКЕ (ХГ ПЪДЮ H-Ar), МЮ ПЮЯВЕР ЙНРНПНИ СИДЕР ДЕМЭ; МЕДЕКЪ; ЛЕЯЪЖ. йЮЙСЧ ОН ЯКНФМНЯРХ ЛНКЕЙСКС ЛНФМН ПЮЯЯВХРЮРЭ ГЮ ЦНД МЕОПЕПШБМШУ БШВХЯКЕМХИ МЮ CRAY-90.

пЕГСКЭРЮРНЛ ОПНДЕКЮММНИ ПЮАНРШ ЪБКЪЧРЯЪ ТЮИКШ, ЯНУПЮМЕММШЕ Б ДХПЕЙРНПХХ НДМНХЛЕММНИ Я ЦПСООНИ (Й ОПХЛЕПС, F-36) Б ОНДДХПЕЙРНПХХ МНЛЕПЮ ГЮДЮМХЪ ДЮММНЦН ДНЙСЛЕМРЮ. оНЯКЕ БШОНКМЕМХЪ ГЮДЮМХЪ ОПЕОНДЮБЮРЕКЭ ОПХМХЛЮЕР ПЮАНРС Х НЖЕМХБЮЕР ЕЕ.

оПХКНФЕМХЕ 1

оПХЛЕП ЯРПЮМХВЙХ, Я ОНЛНЫЭЧ ЙНРНПНИ ЛНФМН ОНЯВХРЮРЭ МЮ СДЮКЕММНЛ ЙНЛОЭЧРЕПЕ ЛНКЕЙСКС БНДШ.

Web interfaces to molecular dynamics and quantum chemistry packages

Two popular programs for geometry optimisation and other fundamental structural properties are Gaussian and MOPAC. Extending the ideas developed elsewhere about chemical MIME types to specify input file types for Gaussian or MOPAC is straightforward. Thus by defining:-

chemical/x-mopac; xmol -readFormat mopii %s

chemical/x-gaussian; xmol -readFormat gaussin %s

in a local .mailcap on a UNIX system (or its equivalent on other platforms) one can readily check the format of a gaussian or MOPAC job submission file. An example here is the input file for a restricted Hartree-Fock geometry optimisation run on Gaussian for the interesting molecule bisbenzenechromium. The file consists of a number of "option cards" (cards for christsake!) which describe the type of calculation to be run, and a title for the job, etc. The next block of data describes the initial geometry of the molecule (as a so-called Z matrix). Finally some initial guesses for the bond lengths and angles are given. We can check that this file correctly describes the molecule by invoking xmol. If you have edited your .mailcap and have xmol installed clicking here should spawn xmol as an external viewer (the file that is being read here is a symbolic link to the the gaussian input text file above but with a file extension ".gau").

Xmol can also convert between file formats so that one could read, for example, a ".xyz" file type and write a ".gau" file type. In the future this feature might be used to launch a remote job on a compute server. We can demonstrate how this might be done with a simple MOPAC calculation (an AM1 minimisation) on water. We have constructed a forms based interface, although other structures are no doubt possible, and you can test it here (It really works now ed.).

оПХКНФЕМХЕ 2

Internet Resources

I. Mailing Lists:

• Ohio State Computational Chemistry Mailing List (CCL): An unmoderated mailing list on all aspects of computational chemistry. Many interesting topics covered, but has periods of very low signal/noise. To subscribe send email with name, address and affiliation to chemistry-request@osc.edu Gopher access to the CCL archives and databases:
  gopher://infomeister.osc.edu/ WWW access to the CCL archives:
  http://www.osc.edu/chemistry.html
• Directory to chemistry-related mailing lists:
  http://bionmr1.rug.ac.be/chemistry/overview.html

II. Computational Chemistry Gopher & WWW addresses:

• Sandia National Labs, Center for Computational Engineering, QC home page:
  http://midway.ca.sandia.gov/chemistry/index.html
• Pacific Northwest Laboratory, Basis set server:
  http://www.emsl.pnl.gov:2080/forms/basisform.html
• NIH Molecular Modeling home page, including hypertext QC tutorial:
  http://www.nih.gov/molecular_modeling/mmhome.html
• Quantum Chemistry Program Exchange, on line catalog and ordering info for QCPE software:
  gopher://gopher.gdb.org/1ftp:qcpe6.chem.indiana.edu@/ or
  ftp://qcpe6.chem.indiana.edu
• Brookhaven protein databank, thousands of crystal structures
• of proteins and nucleic acids:
• http://pdb.pdb.bnl.gov/
• General directory to chemistry on WWW, pointers to academic, non-profit and commercial chemical-related organizations, as well as numerous ftp and gopher sites.
  http://www.chem.ucla.edu/chempointers.html

оНЯКЕДМЪЪ ПЕДЮЙЖХЪ 19 December, 1999